I manufatti lapidei, che le sale del primo e del secondo piano espongono, provengono per lo più dalla basilica cattedrale, che nel corso dei secoli è stata interessata da importanti rimaneggiamenti, e da un’antica chiesa di Otranto dedicata all’Immacolata.

Gioiello indiscusso del museo è l’antico fonte battesimale di forma ottagonale: il prezioso manufatto in pietra dura, databile alla metà del XVI secolo, presenta scene tratte dall’Antico Testamento che preannunciano, attraverso il tema l’acqua, il Battesimo.

Il museo ospita anche i reperti musivi di età tardo-cristiana, ritrovati negli anni ‘80 del XX secolo in seno alle campagne di scavo archeologico che seguirono alle operazioni di sezionamento e distacco del mosaico che oggi si ammira come pavimento della basilica cattedrale.
I mosaici furono rinvenuti a pochi centimetri di profondità dalle malte di allettamento del litostrato medievale del presbitero Pantaleone, raffigurante l’Albero della Vita.
Le porzioni musive rinvenute, furono staccate, completamente restaurate e, in parte, oggi esposte nella sala del primo piano del museo, dedicata al lapidarium.
Gli antichi mosaici furono realizzati con tessere policrome in pietra calcarea locale e si caratterizzano per le semplici decorazioni geometriche e i delicati fiori quadripetali stilizzati.

La stele è una preziosissima testimonianza del III secolo d.C. che attesta la presenza ebraica nella comunità otrantina ellenofona.
Il bene presenta un’iscrizione epigrafica in doppia lingua, ebraica e greca, il cui testo e l'incisione di una menorah conferiscono alla stele un carattere sacro.